Para a realização da cirurgia do suor, primeiramente há uma pré-avaliação, consulta e um pré-operatório. Depois vem a escolha do hospital, no internamento hospitalar o paciente deve estar em jejum por 6 horas e deve chegar ao hospital  antes do horário previsto para a realização da cirurgia.

O tempo da realização da cirurgia simpatectoma torácica é de aproximadamente 60 minutos e da simpatectomia lombar de duas a três horas. Em geral, o paciente demora de três a quatro horas para retornar ao quarto, pois há todo o tempo de preparo para o procedimento cirúrgico e, depois, de monitoramento. É importante que os familiares estejam junto para auxiliar.

A anestesia geral é muito mais segura do que outras e não gera efeitos colaterais ou risco de morte. O anestesista estará atento a todos os exames pré-operatórios e irá monitorar as ondas cerebrais do paciente para que possa utilizar a menor dose necessária do anestésico para cada paciente. Após a anestesia o paciente irá para a mesa de cirurgia e logo depois é induzido a despertar. Algumas horas depois da cirurgia o paciente deve ser examinado.